1987年10月，经中共江西省直属机关委员会批准，成立中共江西农业大学机关总支部委员会，1998年更名为中共江西农业大学机关委员会，简称江西农大机关党委。江西农业大学机关党委是在学校党委领导下的党的二级党组织，设书记一名（由分管校领导兼任），常务副书记（正处级）一名，副书记（副处级）一名，委员若干名，专职秘书1名。2015年10月，机关党委与组织部、党校合署办公，简称部（委、校）。

机关党委现下设十八个支部，分别是机关党委第一支部（党办校办、审计处）、机关党委第二支部（校纪检）、机关党委第三支部（组织部、机关党委、党校）、机关党委第四支部（宣传部（融媒体中心）、统战部）、机关党委第五支部（学工处、创新创业学院）、机关党委第六支部（工会、国际交流处、保育院、校友办）、机关党委第七支部（教务处、高教所）、机关党委第八支部（科技处、新农院、农技推广中心）、机关党委第九支部（人事处）、机关党委第十支部（财务处）、机关党委第十一支部（校园建设处）、机关党委第十二支部（研究生院、MPA中心）、机关党委第十三支部（保卫处）、机关党委第十四支部（招生就业处、校团委）、机关党委第十五支部（教学质量监督与评估中心）、机关党委第十六支部（资产与实验室管理处）、机关党委第十七支部（党务政务督查室）、机关党委第十八支部（招标与采购中心）。

机关党委以毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观和习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持社会主义办学方向，坚持以人为本、立德树人的办学理念，紧紧围绕学校育人中心工作，以政治建设为统领强化党的建设，转变机关作风，提高工作效率和服务水平，创建“学习型、服务型、创新型、廉洁型、节约型”机关，充分发挥党支部的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用，增强党组织的创造力、凝聚力、战斗力，促进机关党员干部管理育人、服务育人。  

2019年2月，校党委决定在机关设立纪检监察组，属副处级建制，归属机关党委和校纪委双重领导，主要职责为强化对机关重要领域风险岗位的监督工作，推进机关党风廉政建设和反腐败向纵深发展，营造学校风清气正的政治生态。

三十多年来，机关党委在学校党委的正确领导下，以管理育人、服务育人为宗旨，充分发挥基层党组织的政治核心作用、战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用，认真贯彻执行党的各项路线方针政策，在思想上、政治上和行动上与党中央保持高度一致，立足机关实际，改进工作方法，解放思想，服务大局，以创新精神做好机关党的建设工作，重视党建基础工作，严肃党内政治生活，重视政治理论及业务学习，将机关党建与业务工作深度融合，坚持党的工作为教学、科研服务的原则，抓好支部党员教育管理工作，较好地贯彻落实上级党委的各项决策部署和工作任务，为促进学校建设有特色高水平大学而积极作为。